L'Area marina protetta di Portofino è stata istituita con il decreto del Ministero dell'Ambiente del 26 aprile 1999 e comprende i Comuni di Camogli, Portofino e Santa Margherita Ligure.
L'istituzione delle aree marine protette è prevista da due leggi nazionali: Disposizioni per la difesa del mare (n. 979 del 31 dicembre 1982) e Legge quadro sulle aree protette (n. 394 del 6 dicembre 1991).
L'Ente ha sede legale nel Comune di Portofino, sede amministrativa e scientifica nel Comune di Santa Margherita Ligure, centro di accoglienza e foresteria nel Comune di Camogli.